福瑞鲤是近年淡水中心培育出的水产新品种(品种登记号：GS-01-003-2010)，在福瑞鲤的育种过程中，逐步形成、建立了一个快速、高效的鲤综合选育技术平台，该技术的核心是采用基于数量遗传学最佳线性无偏预测(BLUP)分析的家系选育方法。在国内外众多的鲤养殖品种中，福瑞鲤是首次采用BLUP家系选育获得鲤新品种。近日，由淡水中心水产遗传育种研究室副主任董在杰研究员等建立的这一快速高效的鲤鱼选育方法获得了国家发明专利授权(专利号：ZL 201110090652.5)，本育种技术已由联合国粮农组织(FAO)通过TCP项目在尼泊尔运用，进行鲤科鱼类的育种实践。
具体选育方法为每代设计、配对80~90个选育家系和20个对照家系(实际生产60~85个选育家系和12~19个对照家系)，各家系的鱼苗早期在不同的网箱中隔离培育，当鱼苗长至10cm左右时，每个家系取50尾鱼进行PIT标记，同时测量每尾鱼的体重、体长、体高和体厚等数据。标记好的鱼在室内水泥池暂养3~5天后，全部放入室外的一个5亩土池中进行培育。养至成鱼后，起捕测量每尾鱼的数据。根据BLUP法运用软件设计适宜的动物模型，以体重为主要指标，对各个家系中的鲤个体的育种值进行估算。将雌、雄鱼按育种值从高到低排序，选取育种值排名靠前并且亲缘关系较远(近交系数较小)雌、雄鱼各90尾，设计下一代选育系的亲本配对方案，同时选取接近平均育种值(~0)且亲缘关系较远的雌、雄鱼各20尾，作为下一代对照系的亲本。按得到的亲本配对方案建立下一代的家系，进行下一代选育。
常规的鲤选育主要是通过群体选育的方法，经过5～6代的选育，可获得具有优良性状的群体。但这种方法选育的周期长，并且这样选育出来的鱼遗传背景不清晰，亲缘关系比较近的可能性极大，因此，经过几代选育后，会出现近交衰退的问题，无法进行长期选育。福瑞鲤的综合选育技术平台提供一种快速高效的鲤鱼选育方法，既能实现鲤鱼的快速、高效选育，又能避免近交衰退，实现长期选育。
