水产养殖水体富营养化是由于在养殖过程中接受了大量废物(未食的饵料、养殖对象的排泄物和粪便)，以及其水体内部自身底泥等沉积物所释放的氮、磷营养盐，使养殖水体容纳了过量的营养物质，污染作用超过了水体自净能力，导致浮游生物大量繁殖，消耗水体中的溶解氧，从而恶化水质，造成水的透明度降低，造成鱼虾大量死亡，破坏养殖水体的生态平衡，制约了水产养殖的可持续发展。
可以用以下方法改善养殖水体富营养化状况：
物理防治法：利用简单的物理方法将养殖水体中的悬浮或浮游有机物尽可能的去除，如人工曝气、挖掘底泥、引水换水等。
化学防治法：对养殖水体水源进行药物消毒，常用的有生石灰、漂白粉、优滤净等。
生物法：向水体中投放某些微生物(光合细菌、硝化细菌、芽孢杆菌等)方式，将水体或底质沉淀物中的有机物、氨氮、亚硝酸氮分解吸收，转化为有益和无害物质，抑制有害细菌的生长。
移栽水草在养殖水体中栽培高等水生植物，用来吸收水体中多余的营养物质，抑制藻类生长，创造一个有利于鱼类生长的生态环境。
科学投喂为了降低残饵对养殖水体污染程度，在养殖过程中应推广使用低氮高能饲料，坚持定点、定时、定质、定量的“四定”原则，同时根据不同季节，天气变化，水质(水色、透明度、溶解氧等)和鱼类的生长情况等适时调整日投饵量，提高饵料利用率、减少浪费，预防残饵对水质的污染。
