泥鳅在生长过程中会有疾病发生，疾病发生时首先要对疾病进行诊断，诊断的目的在于通过观察、检查、分析，对所患的疾病作出正确的判断，然后对症下药。在确诊的前提下，治疗一般按以下四步骤进行：
1、首先是改善环境，适当换水。换水要注意水源水的质量是否符合养殖标准，换水量不宜过大，一般控制在三分之一以内，若养殖池水水质恶变较为严重，换水后可以使用解毒活水素或全效底改片，对水质、底质进行改良，降解水体中的有毒物质。
2、对养殖环境消毒。使用消毒剂对水体中致病的细菌、病毒、真菌、原虫等进行杀灭控制，也是对养殖的泥鳅体表消毒。
3、针对不同疾病在饲料添加内服药，保健品、辅助治疗剂等按疗程进行。
4、待疾病痊愈后，“扫尾关门”以免复发。这步工作往往被养殖户疏忽，其实很简单，采取适量换水后，用10～15公斤生石灰溶液全池泼洒，既消除治病时药物的残留，又是对新水体进行消毒。
