黄辣丁的病虫害防治，通常使用的药物是杀虫剂和抗菌消炎剂。
杀虫剂，可用敌杀死按每立方水体用0.03ppm的浓度全池泼洒，或用硫酸铜:硫酸亚铁=0.15∶0.05ppm的浓度比例泼洒，注意这两种杀虫剂虽然对指环虫、车轮虫等杀虫效果较好，但只能单用，不能混用或交替使用，更不能超量用药。
抗菌消炎剂主要针对细菌感染的病鱼，方法是口服药（混匀在饲料中压成粒料）磺胺二甲嘧啶片，每50公斤饵料中加15-20克连续喂3天，日喂2次或用痢特灵10克加土霉素20克拌匀加入50公斤饵料中，连续喂3天，日喂2次；也可用口服青霉素胶囊，加入料中（5克）连续喂3天，日喂2次。注意药料最好现配现喂，配1次喂3天。
对出血病的治疗，可每亩用生盐50公斤，全塘泼洒，同时每50公斤饵料中用磺胺噻唑100克加维生素c10克均匀拌在料中，投喂3天，日喂2次。
需要提醒的是，在黄辣丁鱼病的防治上，一般拒绝施用敌百虫药剂。
